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blast2go_blast2go中文使用说明_blast2GO

电脑杂谈  发布时间:2017-04-03 10:05:46  来源:网络整理
blast2go

你可以选择在linux下或者windows下进行blast2go的架构,下面的教程适用于两种系统的安装。1.准备工作安装MySQL(请参考“MySQL-5.6.12.2下载与安装”);下载并解压以下和文件(访问官网):local_b2g_db.zip、b2g4pipe_v2.5.zip、gene_info.gz、gene2accession.gz、idmapping.tb.gz、go_201307-assocdb-data.gz2.本地化架构由于blast2go太大,请务必将my.ini文件的datadir设置到一个空间足够的磁盘,例如我的E盘有100G可用空间,设置如下:datadir="E:/MySQL/MySQL Server 5.6/data\"由于MYSQL5.x是不允许BLOB/TEXT类型的字段拥有默认值的,且在windows下是默认以‘strict mode’工作的,所以在创建Table的时候,可能会有错误提示:“BLOB/TEXT column 'xxxxxx(表名称)' can't have a default value”,可以通过将my.ini中sql-mode="STRICT_TRANS_TABLES,NO_AUTO_CREATE_USER,NO_ENGINE_SUBSTITUTION"这一行前面加#注释掉解决。

注:Linux下也需要相应修改datadir路径;Linux下不需要注释sql-mode行;上述过程需要重新启动MySQL服务才能生效。停止mysql服务命令:net stop mysql; 更改my.ini中的datadir信息,并将原来的data目录copy到更改以后的路径中;重启服务命令:net start mysql。(windows/linux 下都可以通过重启计算机来重启mysql服务)1)执行b2gdb.sql用以创建b2gdb和一些Table:mysql -h localhost -uroot -proot < E:\local_b2g_db\b2gdb.sql此时可以通过下面命令查看已经创建了的:mysql -uroot -proot并回车mysql> show databases;可以看到b2gdb已经被创建。blast2go2)创建用户"blast2go":mysql -h localhost -uroot -proot -e "GRANT ALL ON b2gdb.* TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';"mysql -h localhost -uroot -proot -e "FLUSH PRIVILEGES;"3)导入上述已下载并解压了的:为了保证后面步骤的简约,建议先进入存放的文件夹,比如我的解压后的数据位于"D:\b2g\",在CMD下输入:C:\Users\NCRNA>D:D:\>cd b2gD:\b2g>mysql -s -h localhost -uroot -proot b2gdb < go_201307-assocdb-data(耗时约7时,产生55G文件)D:\b2g>mysql -h localhost -uroot -proot b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene2accession' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY \"\t\" LINES TERMINATED BY \"\n\";"(耗时约1时,文件保持55G)D:\b2g>mysql -h localhost -uroot -proot b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_info' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY \"\t\" LINES TERMINATED BY \"\n\";"(耗时约10分钟,文件保持55G)4)最后一次配置(以下命令适用于windows系统,linux环境下请将";"改成“:”):D:\>E:E:\>cd b2g4pipe_v2.5\b2g4pipeE:\b2g4pipe_v2.5\b2g4pipe>java -cp blast2go.jar;ext\mysql-connector-java-3.0.11-stable-bin.jar es.blast2go.prog.util.ImportPIR D:\b2g\idmapping.tb localhost b2gdb root root TRUE注:为了少打几个字,我选择先进入E:\b2g4pipe_v2.5\b2g4pipe文件夹,在其下输入了4)命令,请注意红色标注的那个分号!D:\b2g\idmapping.tb为最后一个文件的路径,b2gdb为名称,rootroot分别为用户名和密码。

你仍然可以用完整路径,命令如下:D:\b2g>java -cp E:\b2g4pipe_v2.5\b2g4pipe\blast2go.jar;E:\b2g4pipe_v2.5\b2g4pipe\ext\mysql-connector-java-3.0.11-stable-bin.jar es.blast2go.prog.util.ImportPIR D:\b2g\idmapping.tb localhost b2gdb root root TRUE注:此时如果上面命令正确的话,将得到下面的提示信息:Starting to import D:\b2g\idmapping.tb to b2gdb@localhost with user rootOpen database connection to database b2gdb on localhost as root with password starts with ****Open database connection to database b2gdb on localhost as root with password starts with ****否则,就得到下面的错误:Database or network connection (timeout) error for: localhostDatabase or network connection (timeout) error for: localhostImport gi-uniprot mapping: Could not connect to DBCould not connect to DBImport of gi-uniprot mapping finished经过约5时,将得到以下提示:Imported 40344363 gi-uniprot mappings to the DB.Imported 40344363 gi-uniprot mappings to the DB.Import of gi-uniprot mapping finished恭喜你,blast2go本地化顺利完成!如果上面的步骤没有成功,很有可能是你没按照本教程来,请你删除原来安装的b2gdb,重新来过。删除方法:mysql>DROP DATABASE b2gdb;关于blast2go命令行使用方法,请参考"blast2go命令行使用方法"。


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      人家导弹都装在发射筒里真是阿Q精神

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        看起来是还可以的说

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